Да, надо очищать. Только очень-очень осторожно! Желательно это делать в воде, если что-то и останется - ничего страшного пусть остается. Учитывайте, что для растений, пересаженных в аквагрунт нужно больше питательных веществ, чем растущих в земле. Поэтому вместе с водой не забывайте добавлять минеральные подкормки